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信息技術研究生論壇

報告題目：STgcor : A Distribution-based Correlation Measurement Method for Spatial Transcriptome Data

報告人：龐力源時間：2022年11月15日（星期二）9:20-9:40

地點：線上會議Zoom鍊接https://us02web.zoom.us/j/9370443564

報告簡介：空間轉錄組技術可以提供組織樣本中不同區域的轉錄譜，同時保留點的位置信息。由于空間轉錄組數據存在異常值和稀疏性，皮爾遜相關系數和斯皮爾曼相關系數等典型相關系數難以應用于空間轉錄組數據。在本研究中，我們通過觀察基因對表達值的分布，提出了一種新的空間轉錄組數據的基因相關性測量方法，稱為STgcor。為了驗證STgcor的有效性，我們将STgcor和其他兩個相關系數應用于加權共表達網絡分析方法，對10x genomics發表的兩個空間轉錄組數據集(包括乳腺癌數據集和前列腺癌數據集)進行分析。根據從相應基因共表達網絡中識别的基因模塊對它們進行評估。結果表明，STgcor結合加權基因共表達網絡分析方法可以發現與癌症相關的特殊基因模塊和一些通路。

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